Vana legend räägib, et 1364 Leedu aadlik nimega Goshtautas kutsutud 14 frantsiskaani vendade ja andis neile koju, et nad saaksid lahendada riigis. Kui Goshtautasa jäänud, kõik mungad tapeti. Mõni aeg hiljem, aadlik Kutsu frantsiskaani mungad. New mungad ta elama teise koha, ja koht, mõrvatud mungad, ehitas ta kiriku auks Püha Risti.

1524 kiriku põles. 1635 selles kohas elama preestrid Bonifratrzy. Nad alustasid oma tööd, mis on ehitatud uue kiriku Püha Risti, asutatud lähedal kloostri sama nime ja avas kloostri haigla. Hiljem haiglas kujunes peavarju vaimuhaiged. Goshtautasa katoliku kiriku poolt eraldatud kloostris ruumides. Psühhiaatriahaiglas tegutses siin kuni 1903, mil ta kolis uue hoone ehitatud spetsiaalselt psühhiaatriahaiglas.

1737 kiriku põles jälle. 1748 sai kirik renoveeritud, sisustus on täielikult remonditud, kuus altarid olid ehitatud ja paigaldatud Kost'ol'na Department ehitati barokkstiilis. Just kaunistatud barokk fassaad ja hoone kloostri. Kuigi taastamise järel väljast hoone ja seal olid osad rokokoo. Templis seisab suurejooneliselt üle avarad toad kivi risti kaared. Huvitav kombinatsioon arhitektuursed elemendid barokk, rokokoo ja neo-rokokoo.

Templisse on allikas, mida peetakse imeline. Legends öelda, et allikas ilmus äkki lähedal statue Pärispatuta. See on koht, kus mungad piinati tapetud Franciscans. Nad ütlevad, et on eriti kasulik vesi selle allika kohta põdevatele patsientidele silmahaigused.

Kirikus on ka imeline rist, mis on paigaldatud üle Peaaltar. Allpool rist on pilt Pühima Neitsi Maarja lapse. Arvatavasti pilt maalitud 17. sajandil, kuid kindlasti päritolu maal on teadmata. Samuti seas imeline looming. Koopia imeline maal Pühima Neitsi Maarja lapse kujul freskode saab näha Peafassaadil kirik. See on all kaarjas numbrilaud, ehitatud 1737 kahe külje tornid kirik.

Aastatel 1914 1924 kirik pidas eriteenistuse õpilastele Leedu koolid. Ajal, mil Vilnius okupeeriti Poola, ei ole toimunud templi teenust Leedu yazyke.V Bonifratr 1843 Order kaotati ja asemele kloostri jäänud ainult nende esindatus. Aastal 1909 sai kirik uuesti remontida. Lõpus Esimene maailmasõda, 1924. aastal, piiskop Jurgis Matulaitis Bonifratr kutsutud tagasi kloostri Püha Risti. Tagasi munkade kloostris oli väga õigeaegne. Nad remonditud kiriku püstitamisel kuus altarid seal. Samuti lavastatud kloostri peavarju vanuritele ja supikööki vaeseid "Caritas".

Alguses II maailmasõda, vennad alates Vilnius võeti Bonifratrzy Order. Aastal 1947, klooster varju õed koguduse "Pärispatuta Pühima Neitsi Maarja." Kuid nad domineerivad lühiajaline. Nõukogude võim lõpetas 1949. aastal ja kloostri ja kiriku. Hooned kloostri asusid elamu korterite.

Aastal 1976 oli tempel taastatud ja paigutatud see Vilniuse Filharmoonia Kontserdimaja, nn "väikeses saalis barokk." Oli kontserte orelimuusika.

Vilnius peapiiskopkond sain tagasi oma maja alles pärast korra muutumine 1990. aastal. Tempel ja kloostri hooned taastatud ja üle uuele pühitseti nunnad koguduse õed "Pärispatuta Pühima Neitsi Maarja."