Jaapani ajalugu oli aeg, mil valitsejad soosisid Ristiusu levimine ja perioode, mil tuuakse välismaalt doktriin osutus häbistatud ja tema järgijad olid tagakiusatud. XV ja XVI sajandil, kristlus levis kiiresti Kanaari saarte, kuid lõpus XVI sajandil oli keelatud, ja Jaapani rahvale harjutanud seda salaja. Elanikud Nagasaki olid sunnitud igal aastal tõestada, et nad ei ole kristlased. Selleks pakkusid nad kõigutavad pilt Jeesuse Kristuse ja Jumala Ema ja see rituaal, nad pidid kuni keset XIX sajandil. Üldiselt kristlus oli keelatud Jaapanis koguni kaks ja pool sajandit, selle aja jooksul hukati, piinatud või küüditati tuhandeid inimesi suunitlusega religioon.

5. veebruar 1597 Nagasaki avalikult hukatud misjonitöö 26 inimest, nende hulgas 20 olid Jaapani, neli hispaanlased, samuti Mehhiko ja India. Oma tollase valitsev Shogun Toyotomi Hideyoshi arreteeriti kristlasi piinati, siis pane Nagasaki ja löödi risti ehitatud mäe Nisidzaka. Pärast täitmist ohvrite sai märtrid nagu pühakud lugeda ja ära tunda erinevate harrastuste. Sada aastat pärast kanoniseerimisprotsessi 1962 mäel avati mälestusmärk ja muuseumi. 6. veebruar Katoliku kirik Jaapanis tähistab oma mälu.

Muuseumis on olulised ajaloolised dokumendid tõid Euroopast ja koosneb Jaapanis, kunsti periood varase kristluse Jaapanis. Näitus kronoloogiliselt tutvustada külastajatele perioodi varase kristluse, kohati kristlaste tagakiusamisest ja elu saladus katoliiklased perioodil eneseisolatsioon riik.

Praegu kristlus on kolmas suurte religioonide Jaapan pärast budismi ja Shinto. Alguses XXI sajandil, oli umbes 2, 5 miljonit kristlased, enamasti katoliiklased.