University of Zagreb on vanim mitte ainult Horvaatia, vaid ka Kagu-Euroopas. Pärast selle ametlikku vundament peetakse 23. september 1669, kui Rooma keiser ja Ungari-Horvaatia kuningas Leopold I andis välja seaduse, millega privileegid ja staatus ülikooli õppeasutused endise jesuiitide Akadeemia, mis tegutses territooriumil tasuta kuninglikku linna Zagreb, endine pealinn Kuningriigi Horvaatia ja Slavoniasta. See kuupäev on algusest Ülikooli ajalugu Zagrebi nende võitluses rakendamise õigused saanud ja saada väärt seas autoriteetne ja esindaja ülikoolide ja akadeemiate Kesk-Euroopas.

Ajalugu Zagrebi Ülikooli moodsal kujul algab algatusel dzhyakovskogo piiskop ja silmapaistev patroon Horvaatia Josip Juraj Strossmayer, kui ta 1861. aastal ettepaneku korraldada ülikooli neli teaduskonda: arsti, teoloogilisi, filosoofilisi ja seaduslik. Ettepanekut arutati mitu aastat, ja 1874. aastal Horvaatia parlament võttis vastu algatuse ja andis välja dekreedi "On ülikooli." Samal aastal ülikooli muutis oma nime ja sai tuntuks kaasaegne ülikool Zagrebis.

Alates 1990. aastast ülikool on saanud suurema autonoomia, samal ajal hakkas ühinemist Bologna protsessi.