Maarja-Magdaleena kirik asub Södermalm linnaosa. Ajalugu kirik pärineb 1350-nda aasta, kui kuningas Magnus Eriksson kooskõlastatult paavst Clement VI ehitatud kabel pühendatud ja seda Maarja Magdaleena. Välimust hoonest nende aastate halvasti dokumenteeritud, ja ainult säilinud vasegravüür kujutab kabel väike hoone suure torni, mille kohal on terav tornikiiver.

Alguses on 1520s vabanenud Gustav Vasa Stockholmis ja tema väed eesotsas Peder Fredagom leeri kabelis, kuid nad kandnud raskeid kaotusi, kui Taani armee Christian II ründasid nad linnast. See sündmus võis olla üks peamisi põhjuseid, miks Gustav Vasa hävitada kõik kirikud, kloostrid ja kabelid, mis ümbritsevad linna, pärast kasutuselevõttu protestantismi 1527 sealhulgas Chapel Maarja Magdaleena. Samas on tema poeg, kuningas John III, algas ehitatakse uus kirik kohas kabel 1588. Kuid tema surma 1592. katkestada käimasolevat ehitustööd ja kiriku jäi lõpetamata, kuni 1634.

Arhitektid Nicodemus Tessin vanem ja Tessin noorem võttis üle jätkuvat ehitus ja ehitatud barokk-kirik. Tornikiiver mida peeti kõige ilusam Stockholmis, hävis tulekahjus 1759, mis hävitati 300 hoonet valdkonnas. Carl Johan Cronstedt tellis taastada kiriku ja tema projekt valmis 1763. See on säilitanud palju algne kujundus. Taastamine sisemuse Maarja-Magdaleena kirik toimus 1927. aastal, samal aastal oli loodud esimene keha teist lisati 1986. aastal.