Esimene ülikooli Pécs tekkis 1367, kui üks vanimaid Kesk-Euroopas kuningas Louis Suure läks alla Türgi okupatsiooni ajal. Aastal 1921 Ungari endine ülikooli Bratislava (see. Bratislava, Ungari: Pozsony) kolis Pécs, Janus Pannonius on rezultatom1982 Ülikool (Janus Pannonius TUDOMÁNYEGYETEM, JPTE).

  Esimene ülikooli loodi Pécs Louis Ma Ungari 1367. Olles eksisteerinud ühtne hariduskeskus aastakümneid, keskel 15. sajandil oli jagatud kahte kooli - õiguse ja teoloogia. Türgi okupatsiooni ajal ülikooli suleti ja avati alles 1785. aastal, kui Joseph II kolis Royal Academy of Gyor, Pecs. 1802. aastal Royal Academy tuli Gyor korraldusel Francis I ja kõrgkoolide Pec alles 1833. kui piiskop Pécs egiidi all linna senati asutatud Pec Akadeemia teaduskondi õiguse ja filosoofia.

  Modern University of Pécs asutati aastal 1912 ja algselt asub Pozsony (nüüd Bratislava). Pärast Teist maailmasõda Pozsony oli aneksirovan Ungari ja 1921 kolis Ülikooli Pecs, kus see jääb tänaseni. Aastal 1951, arstiteaduskonna Ülikooli on eraldatud, ning kuni 2000. aastani oli eraldiseisev institutsioon. Aastal 1982, University saanud oma nime Janus Pannonius. See University of Pécs loodi 2000. aasta 1. jaanuaril kaudu ühinemisel Janus Pannonius Ülikool, University of Medicine ja Õpetajate Seminari.