Church of Santa Cruz ehitas jesuiitide mungad 1608 kui vald kiriku Hiina immigrantide Manila, millest paljud on vastu võtnud ristiusu. Kui jesuiitide visati Filipiinid kirik sai vara Dominikaani munk. Kirik on peaaegu kaks korda hävitatud võimas maavärin ja tõsiselt vigastada kuulsa Battle of Manila 1945. aasta veebruaris, mis lõppes peaaegu kolm aastat Jaapani okupatsiooni linna.

Kui 1571 kuulutati pealinna Manila Filipiini saarestikus on see muutunud ümber sarnaseks keskaegse Euroopa linna kirikute, paleede ja linnavalitsusse stiilis ehitatud Hispaania barokk. Praegune hoone on Church of Santa Cruz, renoveeritud aastal 1957, on taastatud oma algsel kujul. Siiski on võimalik näha jälgi torni on tüüpiline Aasia arhitektuuri. Altar kiriku esmapilgul tundub veidi alahinnatud, kuid tema valgustus suurepäraselt.

Church of Santa Cruz asub Plaza Lacson (endine Gojty Area), kuulsa Fontana Karredo, ehitatud 1882 auks "suurim heategija Filipiinide Francisco Karredo kes kinkis 10 tuhat peesot ehitamiseks esimene veevarustussüsteem Manila.