Zoo ja Loodusmuuseum Split annetati linnale tõttu alguses XX sajandil mitmeid väärtuslikke looduslikke kogudest. Professor Umberto Dzhirometta 1923 tõstatas küsimuse loomine Museum of Natural History. Linnavolikogu Split võttis asja läbivaatamise ja 1924. aastal asutati esimene muuseumi ja Dzhirometta sai selle juht kuni oma surmani 1939. aastal.

Esimestel aastatel selle olemasolu, muuseumi asus üks munitsipaalhooneid kesklinnas. Varsti ruumi ei piisanud, ja muuseumi viidi üks hoonete pargi Marjan. Koos muuseum avati väike loomaaed, kes esindavad mõned liigid emakeelena ja eksootilisi loomi. Esimest endises Jugoslaavias akvaarium maja kõrval muuseumi ehitati lisaruumi. Mitu aastat hiljem, Okenaarium oli suletud ja ümber väikese puuri. Täna Split loomaaed on üle 300 liigi loomadel.

Hoone pargis Marjan kohta sõjategevus 1991. aastal suleti turvakaalutlustel. Seejärel kolis muuseum kindlusesse virisema, ja pärast 1997. aastat naasis ta Marian. Pärast 2000. palvel töötajate vajadustele muuseumis on eraldatud uue ruumi, kogupindalaga ligikaudu 1156 ruutmeetrit, kus muuseum alustas tööd 2002. aasta jaanuaris.

Enne avamist uue muuseumi direktor reorganiseeriti muuseumikogude ja meenutas mitmeid uusi riske (näiteks kogumine topiste ja linnud, osakonna geoloogia ja paleontoloogia, entomoloogia, Department of selgroogsed ja selgrootud, jne). Samuti viidi läbi töö töötlemise ja süstematiseerimine eksponaate, välitööd keskosas Dalmaatsia arvukatel näitustel muuseumis ja väljaspool seda. Lisaks muuseumi töötajad osalevad mitmed teaduskonverentsidel.

Esimesel korrusel muuseumi võõrustab erinevaid näitusi ning teiselt korrusel maja püsinäitus. Igaüks saab osta muuseumi lisamaterjalid ajaloo muuseumi ja kohaliku looduslugu.