Church of San Sebastian asub mäe otsas, lähedal kalaturul, põhjaosas vana linna Lagos. Siit asukoht pakub uimastamist vaade lahele. Kirik peetakse üks vanimaid ja kaunimaid linna.

Juba enne Kirik ehitati selle koha 1325. oli kabel Pärispatuta Pühima Neitsi Maarja. Aastal 1463, piiskop João de Mello on teinud, et see koht kirik ehitati. Aastal 1490 korraldusel kuningas Portugal, Don João II, olime jälle läbi rekonstrueerimistööde ja kohandati kirik. Pärast seda, kirik pühitseti kirik San Sebastian (kirik Saint Sebastian). Paraku, nagu on juhtunud paljude ajalooliste hoonete Portugal, kirik praktiliselt hävinud Lissaboni maavärin 1755. Kirik taastati, ja kaks sajandit hiljem oli kirik jälle hävinud maavärin, mis toimus 1969. aastal. Aja jooksul sai kirik uuesti taastada.

Toas kirik kolmelööviline eraldatud dooria sambad. Algne peamine altaril pärineb XVI sajandil. Altar koosneb neljast paneelid. Arvatakse, et need paneelid on loodud üks kuulsamaid kunstnikke Algarve XVI sajandil Alvaro Dias. Kirik hoidis vana plaan linna. 1828 kiriku on torn kella.

1924. aastal kirik San Sebastian on loetletud monument riikliku tähtsusega.