Ben Ezra sünagoogiarhitektuuri ei erine standard arhitektuur kopti kirikuid. See juhtus, sest hoone oli algselt kiriku, kuid lõpus X sajandil. Kaliif Hakim suletud kirikus. Viimasel ajal on hoone lunastatud juudi kogukond, mis tol ajal oli suur osa Egiptuse ühiskonnas. Sünagoogi sai nime Rabi Abraham ben Esra Jeruusalemma.

Kuulsad sünagoogi, et XIX sajandil, renoveerimise käigus, seal avastati aardelaegas dokumente tuhandete XI-XII sajandil.
Hiljuti restaureeritud sünagoogi.