1647. aastal linna Eisenstadt oli võimu all vürsti maja Esterhazy, mis oli suur mõju linna ja tõi kaasa positiivseid muutusi. Aastal 1648 käskkirjaga keiser Ferdinand III Eisenstadt sai tasuta linna maksustatakse tasutud summa 16000 kuldnat ja 3000 barrelit veini. 1670. Paul Andsin elama Eisenstadt ja kuus ümberkaudsetes asulates 3000 juuti, kes heideti Viinis. Rabi linna oli Vertaymer Simson, kes ise maeti vana juudi kalmistu.

Tekkis vajadus kalmistul. Nii oli vana juudi kalmistu 17. sajandi lähedal juudi kvartal. Vana kalmistut 1679-1875 aastat ja töötab umbes 1140 hauakivide ainult heebrea sildid. Kuna on vähe ruumi, kõrval vana kalmistu asutati uus. Uus kalmistu on olnud kasutusel alates 1875.

Natside poolt okupeeritud, mõlemad kalmistud osaliselt hävinud, ja hauakivide kasutati barjääri ehitamise ümber linna. Pärast 1945. aastal kalmistu renoveeriti ja monumendid pandi paika. Aastal 1992 uue kalmistu vandalism toimus umbes 80 hauakivid olid rüvetanud natside sümboleid.

Kalmistu Eisenstadt erineb teiste iidsete juudi kalmistute puudub taimestik. Siiski on väga sarnane kuju ja välimus Viini kalmistule. See on tingitud asjaolust, et esimesed asukad olid Viini pagulased. Enne sissepääsu vana kalmistu tehti läbi kauni poolringikujuline metallist väravad, kuid nüüd nad ei ole säilinud. Mõlemad kalmistud on üldsusele avatud.