Klooster asutati alt Maura Dias 1280 jaoks nunnad klarissok. Klooster ei kesta kaua, ja 1311. aastal, ta lakkas olemast. 1316 naise Kuningas Dinis I, kuninganna Isabella Portugal, restaureeritud kloostris.

Queen Isabella Portugali nimetatakse ka "Püha Queen", sest tema erakordse vagadus ja õiglus. Kuninganna ka tuntud oma hea maine põhineb haiglad, lastekodud ja koolid. Pärast abikaasa surma kuningas Dinis, ta pensionile kloostrisse. Ja 1336 kuninganna suri ja maeti kloostri hauakambrisse kaunistatud gooti stiilis. Aastal 1626, Queen Isabella oli kanoniseeritud oma armastust ja häid tegusid.

Esimene arhitekt kloostri oli Domingos Domingues, tuntud oma töö galeriid kloostri Alcobaça. Ta jätkas tööd selle arhitekt Estevao Domingues, kes oli tuntud oma töö galeriid katedraali Lissabonis. 1330. pühitsemine templi ja hiljem lõunaosas kirik ehitati kloostri. Klooster on väga sageli esitatakse raha annetuste ja kingituste. Alguses XVI sajandil sai kirik kaunistatud Sevilla plaadid ja paigaldatud uued altarid.

Kuna klooster ja kirik ehitati vasakul kaldal jõe Mondego, siis aasta hiljem oli hoone ujutatud üle jõe kallastele vetes. Ja juba sajandeid kloostri üleujutatud mitu korda. Kuna sageli üleujutused kloostri ei olnud võimalik olla, ja kuningas John IV tellitud jätta hoone ja liikuda uue kloostri - klooster Santa Clara-a-Nova, ehitatud mäe ole kaugel vana hoone. Haud on endiselt kuninganna Isabella ja teiste kuningliku isikutele anti üle uue hoone.

Aja jooksul vana kloostri varemetes. Aastal 1910 hoone oli loetletud monument riikliku tähtsusega, ja mõned rekonstrueerimistöid teostatakse esimesel poolel kahekümnendal sajandil.